保健（功能）食品和一般食品都能提供人体生存必需的基本营养物质（食品的第一功能），都具有特定的色、香、味、形（食品的第二功能）。
它们的区别是：
1、保健（功能）食品含有一定量的功效成分（生理活性物质），能调节人体的机能，具有特定的功能（食品的第三功能）；而一般食品不能强调特定功能（食品的第三功能）。
2、保健（功能）食品根据其保健功能的不同，具有特定适宜人群和不适宜人群；而一般食品无特定的食用范围。此外，保健食品具有规定的食用量，而其他食品一般没有服用量的要求。
3、保健（功能）食品中的生理活性物质是通过提取、分离、浓缩（或是添加了纯度较高的某种生理活性物质），使其在人体内达到发挥作用的浓度，从而具备了食品的第三功能；而在一般食品中也含有生理活性物质，由于含量较低，在人体内无法达到调节机能的浓度，不能实现功效作用。